El Centro Científico-Tecnológico (CCT) CONICET Patagonia Confluencia fue creado por Resolución del Directorio del CONICET (RESOL-2019-992-APN-DIR#CONICET), con fecha 20 marzo de 2019. El Directorio determinó que las unidades ejecutoras que se nombran en el mismo actuarían bajo jurisdicción del nuevo CCT.

A través de uno de los anexos de la mencionada resolución se determinó que las Unidades Ejecutoras (ordenadas por provincias e incluyendo la institución universitaria de contraparte correspondiente) son las siguientes:

Provincia de La Pampa (como contraparte la Universidad Nacional de La Pampa):

• Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa (INCITAP).
  - Grupo Vinculado al INCITAP
  - Centro de Salud e Investigaciones Médicas (CESIM).
• Instituto de Estudios Históricos y Sociales de La Pampa (IEHSOLP)

Provincia de Río Negro (como contraparte la Universidad Nacional de Río Negro):

• Instituto de Investigación en Paleobiología y Geología (IIPG)

Provincia de Neuquén (como contraparte la Universidad Nacional del Comahue):

• Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas (PROBIEN).
  - Grupo Vinculado al PROBIEN
  - Instituto de Ingeniería Química (IIQ, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional de San Juan, con aprobación de la Universidad Nacional del Comahue)
• Instituto Patagónico de Estudios de Humanidades y Ciencias Sociales (IPEHCS).
  - Grupo Vinculado al IPEHCS
  - Centro Regional Universitario Bariloche (CRUB)
• Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue (CITAAC).
  - Subsede LIBIQUIMA-CITAAC Laboratorio de Investigaciones Bioquímicas y Químicas del Ambiente.
  - Subsede IBAC-CITAAC Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue.
• Instituto de Investigación en Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería (IITCI).